新中国建立初期，彼时的南京大学实力正处于顶尖状态，有人称是“亚洲第一高校”。
1952年，为纠正当时我国高等教育中普遍存在的布局不合理，办学小而全，师资不足等弊端，使高等教育能够更好的服务当时的社会经济发展，为社会需求提供合格人才，国家对原有的高校进行了院系调整。
整顿和加强综合大学建设是当时教育的一大事情，于是，1952年一场全国高等院校的院系大调整开始了。
南京大学，这所曾经被认为是“亚洲第一高校”也在调整序列中，南京大学的院系调整属于涉及院系数量最多的高校之一。
南京大学的办学历程中，学校校名多次更改，学校肇始清末三江师范学堂、两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立江苏大学、国立中央大学、国立南京大学、南京大学。
南京大学当时设有文、法、理、农、工、医、师范七个学院、37个系、6个专修科、26个研究所，是全国院系最全、规模最大的大学。在排名中，曾超过当时东京帝国大学位居亚洲第一。
接下来我们来详细地盘点一下南京大学的院系调整情况：“新”南京大学（调整后的）“新”南京大学，以南京大学文、理、法三学院和金陵大学文、理两学院为主体；并入复旦大学外文系德文组、震旦大学外文系法文组、同济大学外文组、齐鲁大学天文算学系、中山大学天文系、浙江大学地理学系地理组，以及四川大学地理学系（1953年）等，成为一所文理学科型的综合性大学，仍名南京大学。
今东南大学与南京大学办学史上曾用名的“国立东南大学”不同。今东南大学的前身是南京大学工学院，在1952年院系调整中，南京大学的工学院独立，以该院的电机、机械、土木、建筑、化工等5个系，以及南大农学院的农业工程系为基础，并入金陵大学的电机、化工两系，组建成一所多学科性的工业大学——南京工学院。次年又有一些院校的院系并入南京工学院，1988年5月，南京工学院改名为东南大学。
南京大学的师范学院独立，以该院的教育、幼稚教育、美术、音乐、体育等5系与金陵大学的教育、儿童福利两系为基础，并入上海私立震旦大学托儿专修科、广州私立岭南大学社会福利系儿童福利组、南京师专数理班，组建成南京师范学院。1984年1月改名为南京师范大学。
南京大学农学院与金陵大学农学院分别从原属大学划出合并，调入浙江大学农学院的部分系科，组建为南京农学院。1984年改名为南京农业大学。
南京大学工学院水利系与交通大学水利系、同济大学和浙江大学两校的土木系水利组，以及华东水利专科学校的水工专修科合并，组建成华东水利学院。次年，厦门大学、山东农学院、淮河水利学校等水利相关专业并入，1955年，又并入武汉大学水利学院的海港系。1985年改名为河海大学。
南京大学农学院森林系与金陵大学农学院森林系合并，组建南京林学院。1955年，华中农学院森林系并入。1985年改名为南京林业大学。
除了上述高校是南京大学的院系与其他高校合并独立外，还有一些高校的组成也有当时南京大学的成分。
今西北工业大学的前身西安航空学院在迁至西安前，学校名为华东航空学院，华东航空学院由南京大学、交通大学和浙江大学的航空系合并组建的。1952年，南京大学医学院更名第五军医大学，后迁至西安更名第四军医大学。南京大学的其他学科也有调出并入其他高校的情况，例如南京大学哲学系调出至北大，经济系则调出至复旦大学，法律系政治学系则并入华东政法大学。
在1952年的院系大调整中，南京大学贡献了大部分院系或独立办学或并入他校，这极大地促进了当时的高等教育的发展，也为当时的社会发展提供了大量的优秀人才。
除此之外，在往后的高等教育发展中，调整后的南京大学和南京工学院还有部分专业外迁并入他校，例如今江南大学、南京信息工程大学、江苏大学等。
综合来看，南京大学在1952年院系大调整中，以南京大学与金陵大学部分院系为主体并独立的高校多。在这次调整中，南京大学拆分出了两所985高校（南京大学与东南大学），其中南京师范大学、南京农业大学、河海大学均为211高校。
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