全国著名的民办医科类高校长沙医学院陷入一场征税风波。
2022年4月1日长沙医学院官网发文质疑长沙市税务局第三稽查局对长沙医学院征税3亿。长沙医学院官网发文称，长沙市税务局第三稽查局突然向非营利性民办高校学生学费、住宿费征缴25%企业所得税和被征税单位毫不知情的日万分之五滞纳金。而后这篇文章在4月2号已经被长沙医学院撤下。
该事件起因是2022年1月13日，国家税务总局长沙市税务局第三稽查局向长沙医学院下达《税务处理决定书》（长税三稽处[2022]7号），要求该校补缴2016年1月1日至2020年9月30日期间各项税款3.5亿元及相应滞纳金。
一、事件经过
二、案件分析
由于非营利组织不以营利为目的，其所得基本上全部用于公益目的，以弥补政府在某些公共领域作用的不足，如果对非营利组织征税，将不利于其充分发挥公益作用。因而世界上大多数国家都规定对其施行免税或者实行比较优惠的税收政策。
但是非营利组织并非自然地获得免税待遇，其间必须经过认定。非营利组织免税资格的获得一般须经过两个环节：其一是非营利组织资格的获得；其二是免税资格的取得。
在两部门之间分歧为：教育部认为非营利性学校就是可以享受免税的非营利组织，而税务机关认为，长沙医学院并未办理非营利组织认定。
即，民办高校不必然是非营利性组织，教育部在2021年7月18日函中明确，非营利性民办学校属于享受税收优惠的“符合条件的非营利组织”。但由于长沙医学院并未办理非营利组织认定，因此不能享受免税的优惠政策。
三、总结分析
长沙医学院是民办教育机构。公办教育机构收取的学费住宿费属于《企业所得税法》第七条规定的不征税收入，而民办教育机构收取的学费住宿费只能归入《企业所得税法》第二十六条规定的符合条件的非营利组织的免税收入。
汇总诸多信息，长沙医学院自2016年起存在可能的两方面疏忽：一是只注重会计账务处理而忽视税务处理，二是未能及时进行非营利组织免税资格认定。由此导致被税务要求补缴巨额税款。
政策依据：
《中华人民共和国企业所得税法》（简称企业所得税法）第二十六条第四项规定，符合条件的非营利组织的收入为免税收入。
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十四条规定，非营利组织的认定管理办法由国务院财政、税务主管部门会同国务院有关部门制定。
《财政部 税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2018〕13号）均规定，非营利组织需向税务机关提出免税资格申请， 财政、税务部门按照管理权限，对非营利组织享受免税的资格联合进行审核确认，并定期予以公布。
有鉴于此，汲取长沙医学院的惨痛教训，其他民办教育机构应当亡羊补牢，赶快行动，尽快申请非营利组织免税资格的认定。
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